青色申告を行うには一定の帳簿類を備え置く必要があるため、業務量が増加するというデメリットはあるものの、経営管理を適切に行うためには帳簿類の作成は必須の事項であるため、青色申告を行うことが推奨されます。

以下、青色申告を行った際のメリット等の要約となります。特に重要なメリットとしては、長期間において事業を継続するうえで、好不況のサイクルにより赤字を計上した際に、翌年以降の課税所得と相殺が可能となる欠損金の繰越（個人事業の場合は純損失の繰越控除）が挙げられます。